Алексей Иванович Нагаев умер в Петербурге 8 января 1781 года. Похоронен в Александро-Невской лавре на Лазаревском кладбище (некрополь XVIII в.).
Светлая память об Алексее Ивановиче Нагаеве осталась в сердцах русских моряков. Потомки увековечили память адмирала. В 1804 г . русские моряки присвоили его имя мысу на о-ве Кюсю в Тихом океане (м. Хисаки).
В 1912 г . по инициативе гидрографов-тихоокеанцев имя Нагаева было присвоено одной из лучших бухт в Охотском море – бухте Волок. На ее берегах в советские годы вырос крупный порт Нагаево.
На родине адмирала от родовой усадьбы Нагаевых в настоящее время ничего не сохранилось. Главный усадебный дом сгорел в 1957 году . Лишь парк из старых лип в центре села указывает на когда-то существовавшую здесь усадьбу.
Рядом с парком, на месте усадебного дома, благодарные земляки А. И. Нагаева установили скромный обелиск – колонну, увенчанную символическим глобусом, стоящую на выложенной из гранитных плит розе румбов. Колонну окружают якорные цепи в напоминание о том, что А. И. Нагаев был моряком.
На гранитном цоколе – простая надпись:
«Алексею Ивановичу Нагаеву (1704–1781), первому русскому картографу и мореплавателю от земляков».
«Давая высокую оценку картографической деятельности Нагаева как деятельности заложившей основы специальной отрасли гидрографической службы – морской картографии, и воздавая должное его искусству в этой области, мы с полным правом можем считать Нагаева профессиональным составителем морских карт, первым русским морским картографом в полном смысле этого слова, достойным сыном своего Отечества и века Просвещения в России» - мнение наших современников, специалистов флотского дела.